Szałwia muszkatołowa jest zazwyczaj rośliną dwuletnią, co oznacza, że kwitnie co drugi rok. Jest ziołem i osiąga do 1,8 m wysokości. Na całej wysokości łodygi zakwitają małe kwiaty, zwykle od czterech do sześciu na łodygę. Z tych kwiatów pochodzi olejek eteryczny, który jest otrzymywany w procesie destylacji parowej. Kwiaty kwitną od późnej wiosny do połowy lata i mogą być różowe, białe lub purpurowo-niebieskie.